Selon les écrivains, les historiens et les géographes anciens, dans l'Antiquité Agathonissi était appellée Ietoussa.

Agathonissi est habitée depuis les temps les plus anciens, et a changé de nom plusieurs fois jusqu'à aujourd'hui où elle a pris son nom actuel qui refléte la gentillesse et le bon caractère de ses habitants ("agathos"=gentil en Grec).

L'île d'Agathonissi comprend 3 villages: Ag. Georgios, qui est aussi le port, ensuite le grand village (Megalo Chorio) et le petit village (Mikro Chorio).

Au point de vue archéologie: dans l'île d'Agathonissi vous trouverez des vestiges bysantin, des églises, des chapelles - vous pourrez admirer les "Dômes", les constructions bysantines qui peut être ont pu servir d'entrepôts.